EC Intelligenceは、ドメイン別にCookieを発行します。
そのため、複数のサブドメインが存在すると、それぞれのドメインでCookieが発行され、別のユーザとして計測されます。

複数のサブドメインでも1つのサイトとして計測したい場合は、_setDomainNameタグをご利用ください。同一サイトとしてセッション情報を維持して計測できます。
※_trackPageviewタグより前に記述してください。

（例）a1.example.com、b1.example.comを同一のサイトとして計測する場合

_scq.push(['_setDomainName', 'example.com']);

詳細は、導入ガイド「4.1.2 基本設定」の「_setDomainName(domain)」をご覧ください。

なお、別ドメインで同一のpathname（a1.example.com/dir/index.html の場合、「/dir/index.html」）が存在する場合や、アクセスサイトを分けて分析したりセグメントする場合は、_setPageUrlタグでドメイン名をセットすることで可能です。
※_trackPageviewタグより前に記述してください。

（例）a1.example.com/dir/index.html と b1.example.com/dir/index.html のように、別ドメインで同一のpathnameが存在し、それぞれドメイン別に分析したりセグメントしたい場合

_scq.push(['_setPageUrl', location.hostname + location.pathname + location.search]);

詳細は、導入ガイド「4.2.1 ページ」の「_setPageUrl(pageURL)」をご覧ください。